Erreger-Nachweis im Stuhl, siehe auch Mikrobiologie: Gastrointestinaltrakt, Bakterielle Gastroenteritis (Multiplex-PCR, DNA-Nachweis); Parasiten: Würmer/ Wurmbestandteile, Protozoen, Kryptosporidiose (DNA-Nachweis), Lambliasis (DNA-Nachweis), Amoebiasis (DNA-Nachweis); Noro-Virus (RNA-Nachweis), Rotavirus (RNA-Nachweis), Adenovirus (DNA-Nachweis im Stuhl)

- Schwermetallintoxikation: Blei, Cadmium, Chrom, Kupfer, Quecksilber, Zink, Zinn (Urin/ Serum)

- Allergische Ursachen (Nahrungsmittelallergien)

- Zöliakie/ Sprue

- Kolorektal-Karzinom, C-Zell-Karzinom

- Colitis ulcerosa/ Colitis granulomatosa (M. Crohn)

- Endokrine Ursachen: Diabetes mellitus, Hyperthyreose, Karzinoid-Syndrom, M. Addison, Zollinger-Ellison Syndrom

- Andere: chronische Pankreatitis, Urämie, IgA-Mangel

- Nahrungsmittelvergiftungen

- Lactoseintoleranz, siehe auch Lactoseintoleranz-Gentest, Lactosetoleranz-Test