Cystatin C ist ein niedermolekulares Protein, das von allen kernhaltigen Zellen des Körpers mit einer konstanten Syntheserate gebildet wird. Cystatin C wird frei glomerulär filtriert, im proximalen Tubulus reabsorbiert und abgebaut. Im Unterschied zu Kreatinin wird Cystatin C also auch bei eingeschränkter Nierenfunktion nicht tubulär sezerniert. Die Serumkonzentration von Cystatin C ist unabhängig von den Nahrungsgewohnheiten und der Muskelmasse und wird daher nur von der GFR (glomeruläre Filtrationsrate) bestimmt. Der reziproke Wert des Cystatin C korreliert daher nahezu linear mit der Inulin-Clearance.

Cystatin stellt auch im Kreatinin-blinden Bereich einen sensiblen Indikator einer subklinischen Nierendysfunktion dar. Bereits diskrete Einschränkungen der GFR führen zu signifikanten Erhöhungen der Serum-Konzentration. Die jenseits des 60. Lebensjahres beobachteten Anstiege des Cystatin C auch bei Gesunden dokumentieren die verbesserte Sensitivität des Parameters für die Veränderung der GFR im höheren Lebensalter. Infolge der relativen Nierenunreife sind die Spiegel bei Neugeborenen ebenfalls höher; sie fallen im Laufe des ersten Lebensjahres ab.