Einschlägige Empfehlungen (z.B. Leitlinie der ESPGHAN (European society of pediatric gaastroenterology, hepatology and nutrition) unterscheiden im diagnostischen Vorgehen zwischen Patienten, bei denen die Diagnose einer Zöliakie anhand der klinischen Symptome wahrscheinlich ist und zwischen asymptomatischen Personen mit einem erhöhten Risiko, an einer Zöliakie zu erkranken (erstgradig Verwandte von Zöliakiepatienten, selektiver IgA-Mangel, bei assoziierten Erkrankungen wie Typ1-Diabetes mellitus und autoimmunen Schilddrüsenerkrankungen).

Bei klinischer Symptomatik kann so die Ausschlussdiagnostik als auch die eindeutige Diagnosestellung häufig ohne Biopsie erfolgen. Bei Risikopatienten ohne Symptomatik ist bei negativem Ausfall des HLA-DQ2/-DQ8-Tests auch eine spätere Krankheitsmanifestation unwahrscheinlich.